Fortim Carlota foi mandado construir a partir do século XVII ( 1667 ) pelo Capitão-mor, Christovam de Gouveia Miranda, em homenagem a rainha Carlota Joaquina, esposa de D.Joao VI, Rei de Portugal.
Gouveia Miranda, nomeado em 29 de Setembro de 1667 por um período de três anos, veio substituir o capitão-mor, Ornelas. Gouveia mandou construir os dois fortes de São Filipe: D. Carlota e São Sebastião em defesa dos piratas – peças de artilharia.
Edifício sobranceiro ao mar, perto do acesso à praia de Fonte Vila - principal porto da Cidade -, foi instalação das Alfândega ( por volta de 1870 ), Botica ( hospital ), albergue ( Na epoca de crise, com a morte dos pais as crianças abandonas foram instaladas nesse local pelo administrador Miliciano ). Neste momento está abandonado e em estado avançado de degradação.
Nas proximidades existem peças de artilharia pesada (canhões) que demonstram que serviu como ponto de defesa da Vila dos ataques dos corsários.
Christovam de Gouveia Miranda, depois de ter deixado o cargo de capitão-mor, em 1698, trabalhou para construção de um hospital onde assistiriam três religiosos Capuchinhos Italianos Bubônicos. O hospital era no sítio de Afonso Gil de Nossa Senhora da Conceição, mas hoje não existem vestígios.
Entretanto, Marcelino José Jorge Henriques, que veio como capitão-mor em 1764, um século depois, no seu relatório diz ter encontrado as fortalezas em mau estado, sem segurança, com falta de armas e peças e o forte São Sebastião arruinado.
Marcelino Henriques era um judeu cristão. Afilhado de Dona Maria I embarcou para o Brasil para se defender das perseguições. Tiveram naufrágio no Fogo e aqui ficou juntamente com um dos cavaleiros da casa real, José Cláudio Mendes Rosado.
